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        SnapGene怎樣進行引物設計

        教育裝備采購網 2022-06-21 11:56 圍觀0次

        SnapGene怎樣進行引物設計

          什么是引物(Primers)?

        SnapGene怎樣進行引物設計

          引物是聚合酶鏈反應(PCR)技術中使用的短單鏈DNA序列。在PCR方法中,使用一對引物與樣品DNA雜交并確定將被擴增的DNA區域。引物也被稱為寡核苷酸(Oligonucleotides)。

        SnapGene怎樣進行引物設計

          引物具備哪些特性?

          引物的主要特性是需要與模板分子上的序列相對應(需要與模板鏈互補)。

          引物有長短之分。短引物主要用于擴增小而簡單的DNA片段,而長引物用于擴增真核基因組DNA樣本。引物不宜過長(>30-mer primers)或過短。過短的引物會產生不準確的非特異性DNA擴增產物,過長的引物會導致雜交速率降低。平均而言,需要擴增的DNA片段大小應該在1-10KB以內。

          引物結構要相對簡單,不含內部二級結構,避免內部折疊。同時,還需要避免“Primer-Primer”退火(Annealing),這種退火會產生引物二聚體(primer dimers)并破壞擴增過程。設計時,如果不確定要在引物的某個位置放置什么核苷酸(nucleotide),可以在該位置包括多個核苷酸,稱為混合位點(mixed site)。也可以使用基于核苷酸的分子插入物(肌苷,inosine)來代替常規核苷酸,以實現更廣泛的配對能力。

        • 18-24個堿基的長度;

        • G/C含量在40-60%

        • 起止于1-2G/C對;

        • 熔化溫度(Tm)為50-60℃;

        • 引物對之間的Tm應在5℃之內;

        • 引物對不應該有互補區域。

          Step 1 粘貼引物序列

        SnapGene怎樣進行引物設計

          點擊Primers→Add Primer...然后復制粘貼序列。

          Step 2 選擇綁定位點(可選)

        SnapGene怎樣進行引物設計

          或者,可以從在序列上選擇所需的綁定站點開始。點擊鼠標并拖動以進行選擇,相應引物的熔化溫度就會顯示出來。在所選位置添加引物,Primers→Add Primer。

          Step 3 選定底鏈或頂鏈(可選)

        SnapGene怎樣進行引物設計

          若引物是從選定的結合位點制成的,需要指定是選擇Top Strand還是Bottom Strand。

          Step 4 引物命名

        SnapGene怎樣進行引物設計

          如有需要,可以為引物命名,方便后續管理。

          Step 5 輸入描述

        SnapGene怎樣進行引物設計

          如有需要,可以輸入詳細描述。Description頁簽是默認打開的。

          Step 6 修改引物

          如需要,可以修改引物以增加一個5'擴展或引入突變。SnapGene提供兩種方法:

        SnapGene怎樣進行引物設計

          一種是在文本框中手動編輯引物序列;

        SnapGene怎樣進行引物設計

          另一種是在變更位置單擊引物序列,然后單擊Insertions選項卡。使用對話框控件添加所需的密碼子、限制位點、或肽編碼序列。

          Step 7 查看結合部位和熔化溫度

        SnapGene怎樣進行引物設計

          結合位點的數目和計算的熔化溫度顯示在窗口的底部。點擊對話框右下角的藍色文本,可以看到熔化溫度計算方法的總結。

          Step 8 查看引物

        SnapGene怎樣進行引物設計

          點擊Add Primer to Template可以查看新的引物。

          Step 9 選擇多個引物

        SnapGene怎樣進行引物設計

          如要批量編輯多個引物,先選中目標引物。打開Edit Primers對話框,點擊Primers→Edit Primers。

          Step 10 確認改動點

        SnapGene怎樣進行引物設計

          如上圖選擇想要修改的引物顏色、磷酸化、和字體、然后點擊OK。

          Step 11 查看更新的引物

        SnapGene怎樣進行引物設計

          可以看到更新后的引物,如上面序列視圖舉例,引物的顏色被更改為紅色。

        SnapGene怎樣進行引物設計

          而在上面Map視圖中,可以看到更新顏色后的引物有圓點標記。

        點擊進入北京環中睿馳科技有限公司展臺查看更多 來源:教育裝備采購網 作者:北京環中睿馳科技有限公司 責任編輯:逯紅棟 我要投稿
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